La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s’est depuis répandue dans le monde mute régulièrement. Aujourd’hui en France (et dans le monde) c’est le variant Omicron qui est majoritaire (depuis fin 2021). Plusieurs sous-lignages de ce variant circulent dont le variant BA.5 majoritaire en France fin 2022, aujourd’hui remplacé par le sous-lignage toujours d’Omicron, XBB 1.5. C’est lui qui est majoritaire en mars 2023.
C’est quoi un virus variant ?
Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L’émergence de nouvelles variantes des virus n’est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu’elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l’hôte, expliquait l’ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou « variantes » sont alors analysées et suivies de près.
Quel est le nouveau variant Covid ?
Depuis début janvier 2023, on observe en France un remplacement progressif du sous-variant Omicron BQ.1.1 par XBB.1.5 (sous-lignage du recombinant XBB). XBB.1.5 représentait 56% des séquences interprétables à fin février. Cette dynamique de remplacement de BQ.1 par XBB.1.5 est observée à l’échelle internationale.
Quels sont les variants du Covid actuels (mars 2023) ?
Depuis son émergence fin 2021, le variant Omicron circule de manière hégémonique en France et à l’international. Des sous-lignages successifs d’Omicron se sont succédées. Aujourd’hui c’est le recombinant XBB et plus spécifiquement son sous-lignage XBB 1.5 qui est majoritaire en France. Son augmentation est observée depuis janvier 2023. La croissance de XBB.1.5 s’est faite au détriment de BA.5, et en particulier de son sous-lignage BQ.1.1, majoritaire depuis novembre 2022. « La diffusion de XBB.1.5 en France et à l’international peut reposer sur deux facteurs : un échappement important à la réponse immunitaire (commun à tous les XBB) et une augmentation de transmissibilité liée à une meilleure interaction de la protéine Spike avec son récepteur (via la mutation 486P) » explique Santé Publique France dans l’analyse de risques des variants publiée le 22 mars 2023.
Le premier cas de variant du Covid – il s’agissait du variant Alpha (anglais) – en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre 2020, à Tours. Il s’agissait d’un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l’infection. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien. Le premier cas associé au variant Beta venu d’Afrique du Sud en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre 2020.
Quelle est la liste des variants du Covid ?
Classement des variants Covid par l’OMS
Le 15 mars 2023, l’OMS a modifié l’organisation de son classement afin de mieux refléter la situation internationale en terme de variants circulants. Les critères selon lesquels un variant est classé comme VUM, VOI ou VOC ont été mis à jour :
► VUM = variant en cours d’investigation/sous surveillance (variant under monitoring) : modifications génétiques avec effet possible sur ses caractéristiques ET signaux précoce d’un avantage de croissance MAIS incertitudes quant à son impact épidémiologique et clinique
► VOI : variant à suivre (variant of interest) : modifications génétiques avec effet possible ou démontré sur ses caractéristiques ET avantage de croissance dans plus d’une région OMS associée à une augmentation du nombre de cas, ou autre signal épidémiologique suggérant un risque accru pour la santé publique
► VOC : variant préoccupant (variant of concern) : variant répondant à la définition d’un VOI ET sévérité accrue OU diminution importante de l’efficacité vaccinale contre les formes sévères OU modification de caractéristiques pouvant affecter la capacité des structures de soin à prendre en charge les patients COVID-19.
| VOI (variant à suivre) | VUM (variant sous surveillance) |
|---|---|
| XBB.1.5 |
BQ.1 BA.2.75 CH.1.1 XBB XBF |
Le variant XBB
Le recombinant XBB est un recombinant issu des sous-lignages d’Omicron BJ.1 (sous-lignage de BA.2.10) et BM.1.1.1 (sous-lignage de BA.2.75). Il a circulé très largement en Inde et à Singapour avant de diffuser dans d’autres pays d’Asie et d’Amérique latine principalement. La circulation de XBB a mené à une diversification génétique et à la définition de nouveaux sous-lignages. Parmi eux, le sous-lignage XBB.1.5 est majoritaire en France depuis fin février 2023.
Le variant Omicron
Le variant Omicron a été classé VOC par l’OMS le 26 novembre 2021. Ce variant moins virulent que les variants précédents est beaucoup plus contagieux. Il est rapidement devenu dominant en France entre novembre 2021 et janvier 2022 pour totalement remplacer le variant Delta en 2022. Il est toujours majoritaire en février 2023.
Le variant BQ 1.1
Le variant BQ 1.1 est un sous-lignage du variant Omicron BA5. Il circule en France depuis octobre 2022 mais diminue en mars 2023.
Quelles sont les mutations qui augmentent ?
En France, les laboratoires ne recherchent plus directement le variant lors d’un dépistage positif à la Covid mais la présence de mutations caractéristiques de tel ou tel variant. Dans l’analyse de risque des variants du 22 mars 2023, Santé Publique France rapporte :
- une augmentation des mutations portées par XBB et ses sous-lignages : V83A, H146Q, Q183E, V213E, L368I et V445P
- une augmentation de la mutation 486P, caractérisant initialement XBB.1.5 mais détectée depuis chez d’autres sous-lignages de XBB et de BA.2
- une diminution de la mutation 486V, qui est détectée chez BQ.1, de 78% à 20%
Comment sont donnés les noms des variants du Covid ?
Le 31 mai 2021, l’OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c’est-à-dire Alpha, Beta, Gamma…) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d’éviter aussi leur association « stigmatisation et discriminatoire » avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant « anglais », le variant « indien »…), a expliqué l’autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit « anglais »). L’alphabet grec compte 24 lettres.
| Numéro des lettres | Nom des lettres dans l’alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid) |
|---|---|
| 1 | Alpha |
| 2 | Bêta |
| 3 | Gamma |
| 4 | Delta |
| 5 | Epsilon |
| 6 | Zêta |
| 7 | Eta |
| 8 | Thêta |
| 9 | Iota |
| 10 | Kappa |
| 11 | Lambda |
| 12 | Mu |
| 13 | Nu |
| 14 | KSI/Xi |
| 15 | Omicron |
| 16 | Pi |
| 17 | Rhô |
| 18 | Sigma |
| 19 | Tau |
| 20 | Upsilon |
| 21 | Phi |
| 22 | Khi/Chi |
| 23 | Psi |
| 24 | Oméga |
► Liste complète des noms de tous les variants du Covid
Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?
| Variant Alpha | Variant Beta | Variant brésilien Gamma | Variant Delta | Variant Omicron |
|---|---|---|---|---|
| +29% par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 | +25% par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 | +38% par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 | +97% par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 | +30% par rapport au variant Delta |
Comment savoir si on est contaminé par un variant ?
La stratégie de dépistage des variants a évolué au fil des virus observés. Santé publique France et ses partenaires ont mis en place un système de surveillance de l’épidémie de Covid-19 et de ses variants. Cette surveillance des variants s’appuie sur deux méthodes complémentaires : le criblage et le séquençage. L’objectif du criblage est d’identifier les mutations permettant de suspecter certains variants connus, dans un délai d’environ 24 heures après le diagnostic de l’infection. Les résultats remontent à Santé publique France via le système d’information SIDEP et permettent de produire des indicateurs aidant au suivi, de manière très réactive, de la suspicion des principaux variants qui circulent sur le territoire. Le séquençage est la méthode de référence permettant de confirmer les suspicions de variant. L’objectif du séquençage est de caractériser avec certitude le type de variant responsable de l’infection.
Sources
Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2. Santé Publique France.
Sources principales d’information: OMS, Weekly epidemiological update 25/05/2021 et 01/06/2021 ; US CDC ; ECDC, Teyssou et al. 2021, J Infect
Premières détections de cas de contamination au variant B.1.617 du SARS-CoV-2, ministère de la Santé, 30 avril 2021.
Variants du SARS-CoV-2. Bulletin d’information sur les flambées épidémiques. 31 décembre 2020. OMS
Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d’intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.
Avis du Conseil scientifique Covid-19 « Entre vaccins et variants : une course contre la montre ». 12 janvier 2021.
Report 42 – Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.
The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.
Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.
Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.
Source : JDF Santé
