Variant Omicron Covid : symptômes, incubation, cas en France

[Mise à jour le 1er avril 2022 à 11h42] Apparu en Afrique du Sud en novembre 2021, le variant Omicron est majoritaire en France (99,9% des tests Covid analysés du 14 au 20 mars). C’est précisément son sous-lignage BA.2 qui circule désormais (84%) et qui a remplacé le sous-lignage BA.1. Les trois caractéristiques majeures d’Omicron sont sa transmissibilité élevée, son échappement immunitaire et sa moindre sévérité, en comparaison aux variants précédents. Cette forte circulation du variant Omicron qui échappe davantage à la réponse immunitaire participe à l’augmentation des réinfections Covid observée depuis fin janvier, souligne Santé Publique France. Ces réinfections touchent surtout les adultes jeunes (18-40 ans), les professionnels de santé et les personnes n’ayant pas eu leur dose de rappel au vaccin. Interrogé sur France Inter le 14 mars au sujet de la reprise épidémique liée en partie au variant BA.2 plus contagieux, l’épidémiologiste Arnaud Fontanet s’est montré rassurant. Pour lui « grâce au niveau d’immunité collective » acquis par la vaccination et les « infections passées » le pic de contaminations au Covid-19 « devrait aller jusqu’ à 100 000 par jour, peut-être 150 000. » « On est quand même loin des 350 000 cas par jour de la mi-janvier, qui était le pic de la vague Omicron ». In fine, « après, les choses devraient s’arranger ».  Définition, symptômes fréquents avec Omicron, efficacité des vaccins… Tout savoir sur le variant Omicron.

C’est quoi le variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Le Royaume-Uni a été avec la Norvège et le Danemark un des premiers pays du continent européen touché par le variant Omicron. L’épidémie a débuté à Londres début décembre 2021 puis est arrivée en France. Cette variante appartient à la lignée Pango B.1.1.529.« C’est un variant qui a un grand nombre de mutations », expliquait le Dr Maria Van Kerkhove de l’OMS le 25 novembre 2021. Dans un Avis du 17 décembre, le Conseil scientifique français rappelait que « la plupart des mutations sont observées sur la protéine de Spicule (30 environ), d’autres mutations sont aussi observées dans le gène de la protéine N et dans le gène NSP6, mutations pouvant avoir un impact sur le niveau de multiplication du virus« . Selon Santé Publique France, les trois caractéristiques majeures d’Omicron sont sa transmissibilité élevée, son échappement immunitaire et sa moindre sévérité. Il existe plusieurs sous lignages de variant Omicron BA.1 et BA.2 (majoritaire) et BA.3 qui ne présentent pas de différence en termes d’impact, d’échappement immunitaire ou de transmission. Le variant Omicron a été classé comme « préoccupant » ou VOC par l’OMS le 26 novembre. Il y a trois types de variants selon le classement de l’OMS : les VOC (variant préoccupant comme les variants Delta, Alpha, Beta, Gamma et Omicron), les VOI (variant à suivre comme le variant Mu et le variant Lambda) et les VUM (variant sous surveillance).

Qu’est-ce que le variant BA.2 ?

Quatre sous-lignages du variant Omicron ont été détectés en France : BA.1, son sous-lignage BA.1.1, BA.2 et BA.3. « Comme le laissaient supposer les tendances des semaines précédentes, le sous-lignage BA.2 est aujourd’hui majoritaire en France, avec 84% des 2 329 séquences de l’enquête Flash S11. La progression de BA.2 au détriment de BA.1 est observée sur l’ensemble du territoire métropolitain, mais à des niveaux différents selon les régions » informe Santé Publique France le 31 mars. S’il a été montré que BA.2 était plus transmissible que BA.1, les deux sous-lignages sont similaires en termes d’échappement à la réponse immunitaire et de sévérité.

Combien de cas du variant Omicron en France ?

Les données de séquençage confirment la dominance d’Omicron en France. En métropole, il représente plus de 99,9% des séquences interprétables dans l’enquête Flash S11 (14/03, sur la base de 2 329 séquences interprétables), et 99,9% dans l’enquête Flash S10 (07/03, sur la base de 4 869 séquences interprétables). Dans les DROM, Omicron est le seul variant détecté depuis Flash S06-2022 (07/02). Ces données soulignent la quasi-disparition de Delta suite à son remplacement par Omicron

evolution omicron en france
Évolution de la part de chaque variant classé (VOC, VOI et VUM) au cours des enquêtes Flash, France métropolitaine (données au 28 mars 2022) © Santé Publique France

Parmi les premiers cas identifiés d’Omicron en France, un cas en Vendée, un autre dans le Haut-Rhin confirmé par l’ARS de la région Grand Est, un cas en Ile-de-France, en Seine et Marne déclaré par l’Agence régionale de santé d’Ile-de-France

La charge virale diminuerait au bout de 6 jours.

Combien de jours est-on contagieux ?

Le variant Omicron se transmet beaucoup plus que le virus originel de la Covid et ses variants précédents. Selon des études préliminaires rapportées par Santé Publique France, « Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta ». Son sous-lignage BA2 majoritaire en France en mars est « plus contagieux (+30%) et entraine cette remontée de l’épidémie » a informé le Pr Arnaud Fontanet sur France Inter le 14 mars. « Omicron se réplique extrêmement rapidement dans les cultures primaires de cellules épithéliales nasales, encore plus que Delta, qui s’est lui-même répliqué plus rapidement que toutes les variantes précédemment caractérisées » ont confirmé des chercheurs anglais dans une analyse publiée fin décembre. Sa transmissibilité serait augmentée car il utilise une voie d’entrée supplémentaire dans les cellules : « Omicron est capable d’entrer efficacement dans les cellules d’une manière indépendante de TMPRSS2 (voie classique, ndlr), via la voie endosomale. Nous supposons que cela permet à Omicron d’infecter un plus grand nombre de cellules dans l’ 
épithélium respiratoire, ce qui lui permet d’être plus infectieux à des doses d’exposition plus faibles, et transmissibilité intrinsèque améliorée. »
ont précisé les scientifiques. Par contre il serait « moins susceptible de se répliquer dans les poumons » réduisant le risque de maladie grave. Concernant la durée de contagion, l’étude de chercheurs japonais publiée le 5 janvier suggère qu’il est peu probable que les cas vaccinés d’Omicron excrètent le virus infectieux 10 jours après leur diagnostic ou l’apparition de leurs symptômes. La quantité d’ARN viral (que l’on peut assimiler à la « charge virale« ) était la plus élevée 3 à 6 jours après le diagnostic ou 3 à 6 jours après l’apparition des symptômes, puis a progressivement diminué au fil du temps.

Quelle est la durée d’incubation d’Omicron ?

Le variant Omicron a une période d’incubation « plus rapide » et « se multiplie plus vite dans l’organisme » confirmait Gabriel Attal à l’issue du Conseil des ministres le 5 janvier pour justifier le raccourcissement de la durée d’isolement des cas positifs positifs (7 jours au lieu de 10). « On est devant un variant (Omicron, ndlr) qui a une durée (d’incubation, ndlr), avant l’apparition des symptômes, qui est passée de cinq à trois jours » a précisé le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier. 

La durée moyenne des symptômes est de 4 jours.

Quels sont les symptômes du variant Omicron ?

La présentation clinique des infections par Omicron diffère de celle des variants circulant précédemment : « L’anosmie (perte d’odorat) et l’agueusie (perte de goût) sont moins fréquentes, et les formes sévères sont plus rares » indique Santé Publique France en mars 2022. Omicron provoque effectivement moins de détresse respiratoire que Delta car il touche moins les poumons. 

► Les symptômes les plus fréquents observés sur les cas Omicron, selon Santé Publique France sont l’asthénie (fatigue), la toux, la fièvre, les céphalées, les myalgies, un mal de gorge ou un écoulement nasalSelon une étude réalisée à Stockholm (Suède) et publiée le 15 février 2022, l’odynophagie aiguë serait un nouveau symptôme du Covid lié à Omicron.  Elle désigne un douleur ressentie lors de la déglutition et un mal de gorge. « La variante Omicron semble affecter principalement les voies respiratoires supérieures et provoquer une laryngite aiguë sans dysfonction olfactive. Chez certains patients, la manifestation clinique est similaire aux symptômes de l’épiglottite (une infection rapidement évolutive de l’épiglotte et des tissus environnants) », indiquent les scientifiques suédois.

Symptômes omicron
Fréquence des symptômes rapportés sur 277 cas d’Omicron, Santé Publique France, 23 mars 2022 © Santé Publique France

Quelle est la durée des symptômes ?

La durée des signes variait de 1 à 30 jours (médiane de 4 jours) selon les observations de cas en France par Santé Publique France, au 4 janvier.

Quels sont les risques de réinfection avec Omicron ?

En mars, 5% des cas de Covid positifs en France sont des réinfections. On peut donc avoir deux fois le Covid. La fréquence des réinfections Covid a nettement augmenté depuis l’introduction et la diffusion en France du variant Omicron, début décembre 2021, observe Santé Publique France. Pour rappel, Omicron est caractérisé par une transmissibilité accrue et un échappement immunitaire « important ». L’émergence du sous-lignage d’Omicron BA.2 jouerait aussi un rôle dans la hausse des réinfections. « Plusieurs études récentes ont mis en évidence la possibilité de survenue d’une réinfection par BA.2 suite à une infection par BA.1, y compris dans un délai très court (inférieur à 60 jours)«  rappelle l’agence. Néanmoins elles se rejoignent sur le fait qu’il s’agit vraisemblablement d’évènements rares. Ces réinfections touchent davantage les personnes qui n’ont pas eu leur dose de rappel, les adultes jeunes (18-40 ans) et les professionnels de santé. La majorité des cas possibles de réinfection sont symptomatiques au moment de leur détection par un test positif, sans différence significative par rapport aux cas confirmés de COVID-19.

« L’échappement à la réponse immunitaire est associé à des taux de réinfection par Omicron plus élevés »

Quelles sont les règles d’isolement pour les cas contacts ?

Afin de tenir compte de l’évolution extrêmement rapide de la diffusion du variant Omicron en France, les durées d’isolement et de quarantaine des cas contacts Covid ont évolué en janvier 2022. Les contraintes ont ensuite été allégées le 28 février puis une nouvelle fois le 21 mars. Désormais les personnes cas contacts, qu’elles soient vaccinées ou non vaccinées, ne sont plus tenus de s’isoler. Elles doivent en revanche se faire tester à J+2 après le contact avec la personne positive.

Pourquoi ce variant s’appelle Omicron ?

Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma… Omicron est le nom d’une lettre de l’alphabet grec (la 15e), le système de nomenclature « plus accessible à un public non scientifique » et « non stigmatisant » mis en place pour baptiser les lignées génétiques du Sars-CoV-2, explique l’OMS. L’alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettre n’ont pas été attribuées à un variant, l’OMS n’ayant pas encore indiqué pour quelle raison. 

Numéro des lettres Nom des lettres dans l’alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid)
1 Alpha
2 Bêta
3 Gamma
4 Delta
5 Epsilon
6 Zêta
7 Eta
8 Thêta
9 Iota
10 Kappa
11 Lambda
12 Mu
13 Nu
14 KSI/Xi
15 Omicron

Quelle est l’efficacité des vaccins ?

Si le variant Omicron a rapidement remplacé le variant Delta dans le monde (et notamment en France), c’est en partie parce qu’il est plus contagieux mais aussi parce qu’il échappe davantage à l’immunité que ce soit après avoir eu le Covid ou après la vaccination. « Les études in vitro ont montré une séroneutralisation réduite d’Omicron par les anticorps post-vaccinaux et post-infection » rappelle Santé Publique France dans son analyse de risque des variants publiée le 23 mars. « Les estimations d’efficacité vaccinale, si elles varient selon le type de vaccin administré et le nombre de doses, sont toutes en faveur d’une protection limitée contre l’infection. Les estimations de l’efficacité vaccinale contre Omicron restent très élevées pour les formes graves. L’administration d’une dose de rappel améliore sensiblement l’efficacité vaccinale dans différentes études sur différents vaccins, mais des données supplémentaires sont nécessaires pour estimer si cette réponse perdure dans le temps. L’échappement à la réponse immunitaire est aussi associé à des taux de réinfection par Omicron (suite à une infection préalable par un autre variant) plus élevés que pour les variants circulant précédemment. » Selon une étude prépubliée le 16 décembre 2021 dans Biorxiv par des chercheurs de l’Institut Pasteur et du Vaccine Research Institute, en collaboration avec la KU Leuven (Leuven, Belgique), le CHR d’Orléans, l’Hôpital Européen Georges Pompidou (AP-HP), l’Inserm et le CNRS,  les anticorps présents dans le sang de personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer ou du vaccin AstraZeneca ne sont plus capables de neutraliser Omicron 5 mois après la vaccination.

    Après la 1ère dose de vaccin ARN Après la 2e dose Après la 3e dose
Taux de protection contre les formes graves Omicron 1 mois après la vaccination 50% 64% 92%
  3 mois après la vaccination     83%
Taux de protection contre l’infection symptomatique Omicron 1 mois après la vaccination     70%
  3 mois après la vaccination     50%

Le laboratoire Moderna a annoncé le 26 janvier avoir lancé la phase 2 d’une étude sur un vaccin spécifique contre Omicron pouvant être utilisé en rappel. Moderna prévoit d’inscrire environ 300 participants dans chaque cohorte de cette étude, qui sera menée sur 24 sites aux États-Unis. Pfizer a également lancé avec son partenaire BioNTech une étude clinique pour évaluer un vaccin candidat à base d’Omicron chez 1420 adultes en bonne santé âgés de 18 à 55 ans. Pour le Conseil scientifique (comme pour l’OMS d’ailleurs), « le vaccin est un élément majeur de la réponse, mais la stratégie de lutte contre l’épidémie COVID ne peut être exclusivement basée sur la vaccination, en tout cas avec les vaccins actuels ».

Quelle est l’origine du variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. La première infection confirmée connue à Omicron en Afrique du Sud provenait d’un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. Le variant Omicron a également été détecté au Botswana dans des échantillons collectés le 11 novembre 2021.

Les tests arrivent-ils à le dépister ?

La stratégie de criblage a été adaptée en France pour pouvoir détecter des cas suspects d’Omicron. Depuis juin 2021, étaient ciblées les mutations E484K (A), E484Q (B) et L452R (C). Mais « le variant Omicron (B.1.1.529) ne présente aucune des trois mutations suivies par le criblage (E484K, E484Q et L452) » explique Santé Publique France. Un suivi renforcé des résultats de criblage A0B0C0 (ne portant ni E484K ni E484Q ni L452R) a d’abord été mis en place. Mais ce profil de mutation n’étant pas spécifique d’Omicron, une nouvelle variable D a été inclue dans la base de données SI-DEP. Cette variable D combine plusieurs mutations portées par Omicron. L’indication D1 correspond à l’identification d’une ou plusieurs de ces mutations et D0 à la recherche et l’absence d’identification d’une ou plusieurs de ces mutations. Depuis le 20 décembre, la mutation E484Q n’est plus recherchée, et un suivi renforcé des résultats A0C0 a été mis en place.

Est-il moins dangereux ?

Santé publique France a publié en mars 2022 les résultats d’une étude de cohorte comparant la sévérité des infections symptomatiques liées aux variants Delta et Omicron. « L’étude confirme la moindre gravité des infections par ce dernier. » Parmi les personnes infectées par le SARS-CoV-2 symptomatiques, le risque de connaître un évènement hospitalier grave était moins élevé pour les personnes infectées par Omicron que pour celles du même âge infectées par Delta. Cependant, cette différence entre les variants s’atténuait avec l’âge : le risque d’évènement grave augmentait fortement avec l’âge et était deux fois plus important chez les hommes que chez les femmes. Il augmentait également en cas de comorbidité. Le risque d’évènement grave était plus important chez les personnes non vaccinées que chez les primo-vaccinés, indépendamment du variant en cause. Les données Sud Africaines et Écossaises ont suggéré une réduction de 70-80% du risque d’hospitalisation pour Omicron par rapport à Delta et les données anglaises une réduction de 50-70%. Cette moindre dangerosité viendrait du fait que le variant Omicron s’attaque moins au système pulmonaire. Omicron « donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr) » a confirmé le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier. « Le variant Omicron envoie moins les patients en réanimation » a déclaré le ministre de la Santé Olivier Véran ce même jour. Il « provoque des séjours hospitaliers plus courts pour les nouveaux patients que pour ceux contaminés par les variants précédents ».  Selon lui, les personnes hospitalisées vont avoir des besoins en oxygène durant trois à quatre jours avant de pouvoir sortir de l’hôpital. Cependant, le variant Omicron étant très contagieux, beaucoup de personnes hospitalisées à cause du Covid sont positives à ce variant. 

Proportion de suspicion d’Omicron parmi les cas confirmés, les patients nouvellement hospitalisés pour COVID-19 selon le type d’hospitalisation et les patients décédés, par semaine calendaire, S48-2021 à S03-2022, France
Proportion de suspicion d’Omicron parmi les cas confirmés, les patients nouvellement hospitalisés pour COVID-19 selon le type d’hospitalisation et les patients décédés, par semaine calendaire, S48-2021 à S03-2022, France © Santé Publique France

Quels sont les traitements contre Omicron ?

Les traitements d’une infection par le variant Omicron ne diffèrent pas d’une infection Covid classique (paracétamol contre le mal de tête…). En revanche, les anticorps monoclonaux qui peuvent être administrés à certains patients ne semblent pas efficaces contre Omicron. Selon les analyses de chercheurs de l’Institut Pasteur publiées en décembre sur neuf anticorps monoclonaux utilisés en clinique ou en phase de développement préclinique, six perdent totalement leur activité antivirale, et les trois autres sont de 3 à 80 fois moins efficaces contre Omicron par rapport à Delta. Les anticorps Bamlanivimab/Etesevimab (combinaison développée par Lilly), Casirivimab/ Imdevimab (combinaison développée par Roche et appelée Ronaprève), Regdanvimab (développé par Celtrion) perdent totalement leur effet antiviral contre Omicron. La combinaison Tixagevimab/Cilgavimab (développée par AstraZeneca sous le nom de Evusheld) est 80 fois moins efficace contre Omicron que contre Delta. « Nous montrons que ce variant très transmissible, a acquis une résistance marquée aux anticorps. Les anticorps monoclonaux thérapeutiques anti-SARS-CoV-2 disponibles actuellement sont pour la plupart inactifs » commente Olivier Schwartz, co-principal auteur de l’étude et directeur de l’unité Virus et immunité à l’Institut Pasteur.

Comment se protéger d’Omicron ?

Les règles de prévention face au nouveau variant Omicron sont identiques à celles du Sars-Cov-2 originel :

La réduction des contacts.

La vaccination : l’OMS recommande d’accélérer la couverture vaccinale contre le Covid le plus rapidement possible, en particulier parmi les populations désignés comme hautement prioritaires qui ne sont pas vaccinés ou qui ne sont pas encore complètement vaccinés.

Les gestes barrières : masques, distanciation physique, ventilation de l’espace intérieur, évitement des foules, hygiène des mains…

Le dépistage et l’isolement : Utiliser très largement les tests diagnostiques en cas de symptômes ou avant un évènement, y compris chez les personnes vaccinées : tests antigéniques ou autotests au plus proche de l’évènement.

Les grands évènements pouvant conduire à des clusters géants doivent être évités voire interdits provisoirement.

Sources : 

Analyse des données disponibles sur les réinfections possibles par le SARS-CoV-2 à partir de la base de données SIDEP 31 mars 2022. Données au 20 mars 2022. Santé Publique France.

Covid-19 : Premières estimations de la place des variants Delta et Omicron chez les patients hospitalisés à l’AP-HP du 1er décembre 2021 au 4 janvier 2022. 10 janvier 2022. AP-HP.

The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows rapid replication in human primary nasal epithelial cultures and efficiently uses the endosomal route of entry. Thomas P. Peacock1. Department of Infectious Disease, Imperial College London, UK, W2 1PG

Avis du Conseil scientifique COVID-19 16 décembre 2021. 17 décembre 2021.

Point sur le variant du SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529). Santé Publique France. 26 novembre 2021

Les autorités sanitaires françaises surveillent les cas possibles de personnes atteintes du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021

Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States World Health Organization HQ 28 Novembre 2021

Un nouveau variant détecté dans plusieurs pays d’Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.

Frequently asked questions about the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. National Institute for communicable diseases. 25 novembre 2021.

Focused COVID-19 Media Monitoring Nepal. OMS. 26 novembre 2021.


Source : JDF Santé