[Mise à jour le 10 janvier 2022 à 17h17] De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent en France et de nouveaux variants porteurs de mutations sont régulièrement identifiés. Parmi eux, le variant Omicron déclaré en Afrique du Sud le 24 novembre 2021 et classé comme « préoccupant » par l’OMS deux jours plus tard. Omicron est présent aujourd’hui dans 128 pays. Le nombre le plus important de séquences a été signalé au Royaume-Uni, aux Etats-Unis, au Danemark, en Australie et en Allemagne. Il est majoritaire en France et représente 70 à 90% des contaminations selon les régions, a indiqué le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier. Le scientifique a par ailleurs confirmé qu’Omicron « donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr)« . Mais attention à ne pas banaliser ce nouveau variant : « C’est une erreur de se dire « On ne pourra pas l’arrêter, laissons-le filer », a prévenu Arnaud Fontanet. Des changements de nos attitudes peuvent complètement changer la dynamique de cette épidémie. Si nous diminuons tous de 20% nos contacts, on divise par deux le nombre d’hospitalisations à venir dans 15 jours« . Selon les projections de l’Institut Pasteur, le pic d’infections interviendra à la mi-janvier soit dans une semaine environ et une semaine plus tard pour le pic d’admissions à l’hôpital avec un nombre d’admissions quotidiennes de 2000 à 5000 cas par jour. Du même avis, le Dr Krutika Kuppalli de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a appelé sur Twitter le 9 janvier à ne pas sous-estimer les effets délétères de ce nouveau variant : « Ne me dites pas qu’Omicron ne fait pas de ravages ou ne cause pas la mort. Cela provoque le report de la chirurgie comme les biopsies pour les diagnostics de cancer, les cathétérismes cardiaques pour les maladies cardiaques et les greffes qui sauvent des vies. » Concernant la vaccination, le Pr Fontanet a déclaré que la dose de rappel du vaccin diminue de 70% le risque de faire une infection Omicron, de 90 à 95% le risque d’être hospitalisé pour une forme grave et « on pense mais il y a encore beaucoup moins de chiffres que la dose de rappel réduirait de 50% le risque de le transmettre (Omicron, ndlr) ». Un nouveau variant combiné « Delta-Omicron » a été repéré il y a quelques jours par des scientifiques. « Probablement une erreur de contamination, a estimé le Pr Fontanet. On va l’écarter. » Définition, symptômes spécifiques de covid, vaccin… Tout savoir sur le variant Omicron.
C’est quoi le nouveau variant Omicron ?
La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Cette variante appartient à la lignée Pango B.1.1.529.« C’est un variant qui a un grand nombre de mutations et nous savons que dans ce cas, cela peut avoir un impact sur le comportement du virus, a expliqué le Dr Maria Van Kerkhove de l’OMS le 25 novembre 2021. Dans un Avis du 17 décembre, le Conseil scientifique français rappelle que « la plupart des mutations sont observées sur la protéine de Spicule (30 environ), d’autres mutations sont aussi observées dans le gène de la protéine N et dans le gène NSP6, mutations pouvant avoir un impact sur le niveau de multiplication du virus« . Il existe actuellement deux sous lignages de variant Omicron BA.1 (majoritaire) et BA.2 (minoritaire) qui ne présentent pas de différence en termes d’impact, d’échappement immunitaire ou de transmission. « L’impact des mutations observées pour les virus Omicron sur la contagiosité est confirmé, tant du fait d’un échappement immunitaire lié aux mutations localisées sur la protéine de spicule, que de sa capacité réplicative augmentée. La transmission est nettement augmentée par rapport au variant Delta. » Le variant Omicron a été classé comme « préoccupant » par l’OMS le 26 novembre. Il y a trois types de variants selon le classement de l’OMS : les VOC (variant préoccupant comme les variants Delta, Alpha, Beta, Gamma et Omicron), les VOI (variant à suivre comme le variant Mu et le variant Lambda) et les VUM (variant sous surveillance). Un variant préoccupant a :
- une augmentation de la transmissibilité ou changement préjudiciable dans l’épidémiologie du COVID-19 ou
- une augmentation de la virulence ou modification de la présentation clinique de la maladie ou
- une diminution de l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des diagnostics, vaccins, thérapeutiques disponibles.
Combien de cas du variant Omicron en France ?
En France, le variant Omicron est majoritaire depuis la semaine 51 (19-25 décembre 2021). Il représente 70 à 90% des contaminations selon les régions, a indiqué le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier : « 90% sur une bande qui va du nord de la France à la Bretagne en passant par la région parisienne et qui décroit pour être à peu près à 70% en Provence-Alpes-Côte d’Azur avec des chiffres qui vont probablement augmenter. » La stratégie de criblage a été adaptée, avec le développement de nouveaux indicateurs. Ce variant ne présentant aucune des trois mutations suivies jusqu’ici par le criblage des autres variants. En décembre 2021, les kits de criblage utilisés par les laboratoires ont été modifiés pour arrêter de rechercher la mutation E484Q (B) et cibler d’autres mutations spécifiques d’Omicron avec ajout d’un nouveau code (D) dans SI-DEP pour en recueillir les résultats.
Parmi les premiers cas identifiés d’Omicron en France, un cas en Vendée, un autre dans le Haut-Rhin confirmé par l’ARS de la région Grand Est, un cas en Ile-de-France, en Seine et Marne déclaré par l’Agence régionale de santé d’Ile-de-France.
Quelle est la contagion d’Omicron ?
C’est incontestable aujourd’hui : le variant Omicron se transmet beaucoup plus que le virus originel de la Covid et ses variants précédents. Selon des études préliminaires rapportées par Santé Publique France, « Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta ». « Omicron se réplique extrêmement rapidement dans les cultures primaires de cellules épithéliales nasales, encore plus que Delta, qui s’est lui-même répliqué plus rapidement que toutes les variantes précédemment caractérisées » ont confirmé des chercheurs anglais dans une analyse publiée fin décembre. Sa transmissibilité serait augmentée car il utilise une voie d’entrée supplémentaire dans les cellules : « Omicron est capable d’entrer efficacement dans les cellules d’une manière indépendante de TMPRSS2 (voie classique, ndlr), via la voie endosomale. Nous supposons que cela permet à Omicron d’infecter un plus grand nombre de cellules dans l’
épithélium respiratoire, ce qui lui permet d’être plus infectieux à des doses d’exposition plus faibles, et transmissibilité intrinsèque améliorée. » ont précisé les scientifiques. Par contre il serait « moins susceptible de se répliquer dans les poumons » réduisant le risque de maladie grave.
Quelle est la durée d’incubation d’Omicron ?
Le variant Omicron a une période d’incubation « plus rapide » et « se multiplie plus vite dans l’organisme » confirmait Gabriel Attal à l’issue du Conseil des ministres le 5 janvier pour justifier le raccourcissement de la durée d’isolement des cas positifs (7 jours au lieu de 10) et sa suppression pour les cas contacts vaccinés. « On est devant un variant (Omicron, ndlr) qui a une durée (d’incubation, ndlr), avant l’apparition des symptômes, qui est passée de cinq à trois jours » a précisé le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier. Pendant cette période, la personne est contagieuse.
La durée moyenne des symptômes est de 4 jours.
Quels sont les symptômes du variant Omicron ?
Dès les premières observations, les chercheurs sud-africains ont indiqué que la maladie liée à Omicron paraissait plus bénigne. Le premier patient « avait un peu mal à la tête, il n’avait pas vraiment mal à la gorge, pas de toux, pas de perte du goût ou de l’odorat » expliquait le Dr Angelique Coetzee, présidente de l’Association médicale sud-africaine à la BBC. Ses symptômes étaient « très très légers ». L’étude sud-africaine Discovery publiée mi-décembre montrait que les volontaires infectés par Omicron présentaient une gorge irritée, une congestion nasale, c’est-à-dire des signes de rhume. Omicron provoquait par ailleurs moins de détresse respiratoire que Delta ce que confirment aujourd’hui les médecins en France. Sur BFM-TV le 10 janvier, le Pr Arnaud Fontanet a indiqué qu’Omicron « donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr)« . Dans le point épidémiologique du 7 janvier, Santé Publique France rapporte les caractéristiques des premiers cas détectés d’infection par Omicron en France (338) : la majorité était symptomatique (89%), mais de façon bénigne, ce qui peut être lié à l’âge des cas (médiane de 32 ans) et à la faible proportion d’entre eux qui présentaient des facteurs de risque. L’asthénie (fatigue), la toux, la fièvre, les céphalées, les myalgies, un mal de gorge ou un écoulement nasal étaient les symptômes les plus souvent signalés.
Quelle est la durée des symptômes ?
La durée des signes variait de 1 à 30 jours (médiane de 4 jours) selon les observations de cas en France par Santé Publique France, au 4 janvier.
Quelles sont les règles d’isolement pour les cas contacts ?
Afin de tenir compte de l’évolution extrêmement rapide de la diffusion du variant Omicron en France, les durées d’isolement et de quarantaine ont évolué le 3 janvier 2022, comme détaillé par le gouvernement.
Pour les personnes cas contact ayant un schéma vaccinal complet (rappel réalisé conformément aux exigences du pass sanitaire)
Il n’y a plus de quarantaine, néanmoins les personnes cas contact doivent : appliquer de manière stricte les mesures barrières, et notamment le port du masque en intérieur et en extérieur, limiter leurs contacts, éviter tout contact avec des personnes à risque de forme grave de Covid, télétravailler dans la mesure du possible. En outre, les personnes cas contacts doivent réaliser un test TAG ou RT-PCR dès qu’elles apprennent qu’elles sont cas contacts, puis effectuer des autotests à J2 et J4 après le dernier contact avec la personne positive. En cas d’autotest positif, il convient de confirmer le résultat par un TAG ou un test RT-PCR. Si le test est positif, la personne devient un cas et démarre un isolement.
Pour les personnes cas contact ayant un schéma vaccinal incomplet et pour les personnes cas contacts non-vaccinés
Ces personnes doivent respecter un isolement d’une durée de 7 jours (pleins) à compter de la date du dernier contact. Pour sortir de quarantaine ces personnes doivent réaliser un test antigénique ou RT-PCR et avoir un résultat négatif. Si le test est positif, la personne devient un cas et démarre un isolement.
Pour les enfants de moins de 12 ans
Pour les enfants de moins de 12 ans cas contact, dans le milieu scolaire, le protocole de l’éducation nationale s’applique. Cela se traduit par la réalisation d’un test TAG ou RT-PCR pour tous les élèves de la classe dès l’apparition d’un cas au sein de la classe, et le retour en classe sur présentation du résultat négatif. Les élèves réalisent des autotests à J2 et J4. Les parents doivent présenter une attestation sur l’honneur de réalisation de ces tests pour permettre le maintien en classe de l’élève. Les autotests dont la réalisation est prévue dans le schéma de dépistage des personnes cas contact (pour les personnes ayant un schéma vaccinal complet et les enfants de moins de 12 ans) seront pris en charge par l’assurance maladie et délivrés gratuitement en officine pharmaceutique après la réalisation du test à J0.
Que veut dire Omicron ?
Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma… Omicron est le nom d’une lettre de l’alphabet grec (la 15e), le système de nomenclature « plus accessible à un public non scientifique » et « non stigmatisant » mis en place pour baptiser les lignées génétiques du Sars-CoV-2, explique l’OMS. L’alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettre n’ont pas été attribuées à un variant, l’OMS n’ayant pas encore indiqué pour quelle raison.
| Numéro des lettres | Nom des lettres dans l’alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid) |
|---|---|
| 1 | Alpha |
| 2 | Bêta |
| 3 | Gamma |
| 4 | Delta |
| 5 | Epsilon |
| 6 | Zêta |
| 7 | Eta |
| 8 | Thêta |
| 9 | Iota |
| 10 | Kappa |
| 11 | Lambda |
| 12 | Mu |
| 13 | Nu |
| 14 | KSI/Xi |
| 15 | Omicron |
| 16 | Pi |
| 17 | Rhô |
| 18 | Sigma |
| 19 | Tau |
| 20 | Upsilon |
| 21 | Phi |
| 22 | Khi/Chi |
| 23 | Psi |
| 24 | Oméga |
Quelle est l’efficacité des vaccins ?
Des travaux se poursuivent pour étudier le potentiel d’échappement immunitaire du variant Omicron face au vaccin. « Sur la base de notre compréhension des mutations dans cette lignée, une évasion partielle-immune est probable » ont indiqué d’emblée les chercheurs sud-africains. La variante Omicron est la variante la plus divergente en terme de mutations depuis le début de la pandémie. Selon une étude prépubliée le 16 décembre dans Biorxiv par des chercheurs de l’Institut Pasteur et du Vaccine Research Institute, en collaboration avec la KU Leuven (Leuven, Belgique), le CHR d’Orléans, l’Hôpital Européen Georges Pompidou (AP-HP), l’Inserm et le CNRS, les anticorps présents dans le sang de personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer ou du vaccin AstraZeneca ne sont plus capables de neutraliser Omicron 5 mois après la vaccination. Invité sur BFM-TV le 10 janvier, le Pr Arnaud Fontanet a confirmé qu’ « à 6 mois de deuxième dose, le vaccin protège à 60% contre les hospitalisations Omicron ». Et d’ajouter : « La dose de rappel diminue de 70% le risque d’infection, de 90 à 95% le risque d’être hospitalisé et on pense de 50% le risque de transmettre le virus mais on a beaucoup moins de chiffres pour cette donnée. » Afin de contrer ce variant, l’OMS envisage de modifier la composition du vaccin afin qu’il devienne plus efficace. « Nous sommes en train de voir avec les producteurs de vaccins et de nombreux experts dans le monde si on ne pourrait pas changer la composition du vaccin », a expliqué jeudi 30 décembre sur franceinfo Sylvie Briand, directrice du département de la gestion des risques épidémiques à l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Le 30 novembre, le PDG du laboratoire Moderna, Stéphane Bancel, interviewé dans le Financial Times, soulignait que « la plupart des experts pensaient qu’une variante aussi hautement mutée n’émergerait pas avant un an ou deux. »
D’où vient le variant Omicron ?
La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. La première infection confirmée connue à Omicron en Afrique du Sud provenait d’un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. Le variant Omicron a également été détecté au Botswana dans des échantillons collectés le 11 novembre 2021.
Les tests arrivent-ils à le dépister ?
La stratégie de criblage a été adaptée en France pour pouvoir détecter des cas suspects d’Omicron. Depuis juin 2021, étaient ciblées les mutations E484K (A), E484Q (B) et L452R (C). Mais « le variant Omicron (B.1.1.529) ne présente aucune des trois mutations suivies par le criblage (E484K, E484Q et L452) » explique Santé Publique France. Un suivi renforcé des résultats de criblage a été instauré pour repérer les prélèvements permettant de suspecter sa présence compte tenu de l’absence de ces trois mutations (profil codé A0B0C0). Ce suivi n’est toutefois pas spécifique à Omicron car d’autres variants ont ce même profil en criblage. « C’est pourquoi la stratégie de criblage a été adaptée en décembre avec modifications des kits de criblage utilisés par les laboratoires pour arrêter de rechercher la mutation E484Q (B) et cibler d’autres mutations spécifiques d’Omicron avec ajout d’un nouveau code (D) dans SI-DEP pour en recueillir les résultats » explique Santé Publique France dans le point épidémiologique du 30 décembre. Dans un communiqué du 28 décembre, la Food And Drug Administration, l’autorité sanitaire américaine, a mis en garde contre le risque de faux négatifs avec les tests antigéniques en cas de contamination au variant Omicron. Leur sensibilité serait « réduite ».
« Delta menace nos réanimations par ses formes graves. Omicron menace nos lits de médecine par ses formes symptomatiques nombreuses »
Est-il moins dangereux ?
Pour l’instant, les données sur la sévérité d’Omicron sont relativement encourageantes, explique l’Institut Pasteur le 27 décembre. Les données Sud Africaines et Écossaises suggèrent une réduction de 70-80% du risque d’hospitalisation pour Omicron par rapport à Delta et les données anglaises une réduction de 50-70%. Cette moindre dangerosité viendrait du fait que le variant Omicron s’attaque moins au système pulmonaire. « Cependant, cette réduction du risque d’hospitalisation peut être liée en partie à la sévérité moindre du variant Omicron comparé au variant Delta, mais également au fait qu’Omicron, capable d’échappement immunitaire, infecte plus souvent des personnes déjà infectées ou vaccinées, et donc moins à risque de formes graves. Il faut donc bien prendre en compte cet historique d’infection passée ou vaccination dans l’analyse pour ne pas surestimer la réduction de la sévérité. A l’inverse, il est possible que ces études sous-estiment la réduction de la sévérité si les personnes infectées par Omicron sont moins testées si moins symptomatiques. » Invité de France Inter le 3 janvier, Olivier Véran a expliqué que « Delta menace nos réanimations par ses formes graves. Omicron menace nos lits de médecine par ses formes symptomatiques nombreuses ».
Quelles différences avec le variant Delta ?
Le variant Delta n’est plus majoritaire en France depuis le 19 décembre. « Nous sommes dans une phase de transition entre deux variants, Delta et Omicron » a confirmé Arnaud Fontanet le 10 janvier sur BFM-TV. Le variant Delta est plus présent désormais dans le sud de la France. « Alors que la lignée B.1.1.529 partage quelques mutations communes avec les variantes Delta mais aussi Beta et C.1.2, il a également un certain nombre de mutations supplémentaires. À l’heure actuelle, la lignée B.1.1.529 est relativement distincte des variantes C.1.2, Beta et Delta et a une voie évolutive différente » ont expliqué les scientifiques sud-africains qui ont analysé en premier le nouveau variant Omicron. Selon les données sud-africaines et écossaises rapportées par l’Institut Pasteur, Omicron est 70% plus contagieux que Delta, mais moins dangereux car le risque d’être hospitalisé est 70-80% moindre par rapport à une personne est infectée par Delta. Il s’attaquerait moins aux poumons. Concernant le risque de réinfection, « Omicron était associé à un risque 5,4 fois plus élevé que Delta« selon l’étude anglaise publiée le 16 décembre par l’Imperial Collège de Londres. Un nouveau variant combiné « Delta-Omicron » a été repéré il y a quelques jours par des scientifiques. « Probablement une erreur de contamination, a estimé le Pr Fontanet. On va l’écarter. »
Comment se protéger ?
Les règles de prévention face au nouveau variant Omicron sont identiques à celles du Sars-Cov-2 originel :
► La réduction des contacts : « Si nous diminuons tous de 20% nos contacts, on divise par deux le nombre d’hospitalisations à venir dans 15 jours » a expliqué le Pr Fontanet sur BFM-TV le 10 janvier.
► La vaccination : l’OMS recommande d’accélérer la couverture vaccinale contre le Covid le plus rapidement possible, en particulier parmi les populations désignés comme hautement prioritaires qui ne sont pas vaccinés ou qui ne sont pas encore complètement vaccinés.
►Les gestes barrières : masques, distanciation physique, ventilation de l’espace intérieur, évitement des foules, hygiène des mains…
►Le dépistage et l’isolement : Utiliser très largement les tests diagnostiques en cas de symptômes ou avant un évènement, y compris chez les personnes vaccinées : tests antigéniques ou autotests au plus proche de l’évènement.
► Les grands évènements pouvant conduire à des clusters géants doivent être évités voire interdits provisoirement.
Sources :
The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows rapid replication in human primary nasal epithelial cultures and efficiently uses the endosomal route of entry. Thomas P. Peacock1. Department of Infectious Disease, Imperial College London, UK, W2 1PG
Avis du Conseil scientifique COVID-19 16 décembre 2021. 17 décembre 2021.
Point sur le variant du SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529). Santé Publique France. 26 novembre 2021
Les autorités sanitaires françaises surveillent les cas possibles de personnes atteintes du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021
Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States World Health Organization HQ 28 Novembre 2021
Un nouveau variant détecté dans plusieurs pays d’Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.
Frequently asked questions about the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. National Institute for communicable diseases. 25 novembre 2021.
Focused COVID-19 Media Monitoring Nepal. OMS. 26 novembre 2021.
Source : JDF Santé
