Variant Covid : actuel, XBB, en France, en Chine ?

[Mise à jour le 4 janvier 2023 à 18h57] La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s’est depuis répandue dans le monde mute régulièrement. Les premiers variants du Covid préoccupants (VOC) sont apparus fin 2020. Le variant Alpha s’est d’abord propagé en France et est devenu majoritaire en mars 2021. Les variants Beta et Gamma ont également circulé au premier semestre 2021, de manière toutefois moindre. Le variant Delta est apparu en mai 2021 et est devenu majoritaire en France en juillet 2021. Le variant Omicron est le dernier VOC (« variant of concern » en anglais ou « variant préoccupant » en français) apparu, fin novembre 2021. Il est devenu majoritaire en 2022 et l’est toujours en janvier 2023 selon la dernière analyse de Santé Publique France. Aujourd’hui, les scientifiques surveillent de près l’épidémie majeure de Covid en Chine depuis l’arrêt des mesures barrières « Zero-Covid ». « Les données parcellaires de séquençage disponibles sur la base internationale GISAID font état d’une quasi-exclusivité de variants Omicron et de la circulation de nombreux sous-variants BA.5 de Omicron (essentiellement BF7, mais aussi des virus BQ1.1 notamment), identiques à ceux ayant circulé en 2022 en France et en Europe » a indiqué le Comité scientifique français COVARS dans un Avis publié le 29 décembre 2022. Pour ces spécialistes, « les variants susceptibles d’émerger en Chine dans ce contexte de profil immunitaire différent entre populations chinoise et européenne, pourraient ne pas avoir les caractéristiques d’échappement immunitaire leur permettant de se propager aisément dans la population européenne. Cependant l’émergence de nouveaux variants d’échappement ne peut être totalement éliminée du fait de l’ampleur de l’épidémie et du risque zoonotique ».

C’est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L’émergence de nouvelles variantes des virus n’est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu’elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l’hôte, expliquait l’ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou « variantes » sont alors analysées et suivies de près. 

Quel variant circule en ce moment en France ?

Le VOC Omicron reste hégémonique en France et à l’international. Au sein du VOC Omicron, BA.5 est majoritaire depuis maintenant plusieurs mois. A ce jour on dénombre plus d’une centaine de sous lignages au sein de BA.5. Parmi eux, le sous lignage BQ.1.1 est le plus détecté. Il représente (tous sous lignages inclus) 62% des séquences de l’enquête Flash S48 (dernière semaine de novembre 2022), suivi par BF.7 (6%), BQ.1 (5%) et BA.5.2 (2%).

Evolution des variants en france
Classement des variants au 14/12/2022 et détection en France métropolitaine dans les enquêtes Flash © Santé Publique France
 
évolution des variants en france
Evolution de la circulation des variants du Covid en France © Santé Publique France

Le premier cas de variant du Covid – il s’agissait du variant Alpha (anglais) – en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre 2020, à Tours. Il s’agissait d’un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l’infection. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien.  Le premier cas associé au variant Beta venu d’Afrique du Sud en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre 2020.

Quel variant en Chine ?

Une vague épidémique due aux variants Omicron sévit en Chine depuis plusieurs mois, comportant une vague importante en Avril/Mai 2022 suivie d’un plateau puis d’une vague d’intensité majeure depuis l’arrêt des mesures barrières « Zero-Covid ». La population a de fait une faible immunité face au virus. « Les données parcellaires de séquençage disponibles sur la base internationale GISAID font état d’une quasi-exclusivité de variants Omicron et de la circulation de nombreux sous-variants BA.5 de Omicron (essentiellement BF7, mais aussi des virus BQ1.1 notamment), identiques à ceux ayant circulé en 2022 en France et en Europe » informe le Comité scientifique français COVARS dans un Avis publié le 29 décembre 2022. Pour ces spécialistes, « les variants susceptibles d’émerger en Chine dans ce contexte de profil immunitaire différent entre populations chinoise et européenne, pourraient ne pas avoir les caractéristiques d’échappement immunitaire leur permettant de se propager aisément dans la population européenne. Cependant l’émergence de nouveaux variants d’échappement ne peut être totalement éliminée du fait de l’ampleur de l’épidémie et du risque zoonotique ».

Quelle est la liste des variants du Covid ?

‘Les virus se caractérisent dans leur immense majorité par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. Elle survient notamment suite à des mutations introduites dans leur génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l’émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu » rappelle Santé Publique France. Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques : VOC, VOI et VUM par l’OMS.

Variant préoccupant, ou VOC ( » variant of concern  » en anglais) : Un variant préoccupant du SARS-CoV-2 est un variant qui répond à la définition du variant à suivre (voir ci-dessous) et dont on a montré, au moyen d’une évaluation comparative, qu’il est associé à un ou plusieurs des changements suivants, qui ont une certaine importance pour la santé publique mondiale :

  • Augmentation de la transmissibilité ou évolution préjudiciable de l’épidémiologie de la COVID‑19 ; ou
  • Augmentation de la virulence ou modification du tableau clinique ; ou
  • Diminution de l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.
variant voc septembre 2022
Variant préoccupant (VOC) circulant en ce moment, OMS, décembre 2022 © OMS
VOC circulant avant Omicron
Variant préoccupant (VOC) circulant avant Omicron, OMS, décembre 2022 © OMS

Variant à suivre, ou VOI (« variant under investigation » ou « variant of interest » en anglais) : Variant du SARS-CoV-2 :

  • qui présente des modifications génétiques dont on sait qu’elles affectent ou dont on prévoit qu’elles affecteront les caractéristiques du virus telles que la transmissibilité, la gravité de la maladie, l’échappement immunitaire, la capacité d’échapper au diagnostic ou au traitement ; ET
  • qui cause une transmission communautaire importante ou plusieurs foyers de COVID-19, dans plusieurs pays, entraînant une prévalence relative croissante ainsi qu’une augmentation du nombre de cas dans le temps, ou d’autres conséquences épidémiologiques observables qui font craindre un risque émergent pour la santé publique mondiale. 
variant VOI juillet 2022
Variant VOI juillet 2022 © OMS

Le variant XBB

Le variant XBB est un recombinant issu des sous-lignages d’Omicron BJ.1 (sous-lignage de BA.2.10) et BM.1.1.1 (sous-lignage de BA.2.75). XBB et ses sous-lignages circulent largement en Asie, en particulier à Singapour, en Inde, en Malaisie et en Indonésie, et plus faiblement dans les autres régions du monde. Il est détecté « à bas bruit en France métropolitaine » selon Santé Publique France. XBB « se caractérise par une capacité d’échappement accrue à la neutralisation par les anticorps post-vaccinaux, post-infection et monoclonaux thérapeutiques » a indiqué l’agence dans l’analyse publiée fin décembre. Pour autant « XBB n’a pas été associé à des signaux préoccupants en terme de présentation clinique ou de sévérité ».

Le variant Omicron

Le variant Omicron a été classé VOC par l’OMS le 26 novembre 2021. Ce variant moins virulent que les variants précédents est beaucoup plus contagieux. Il est rapidement devenu dominant en France entre novembre 2021 et janvier 2022 pour totalement remplacer le variant Delta en 2022. Il est toujours majoritaire en décembre 2022.

Le variant BQ 1.1

Le variant BQ 1.1 circule en France depuis octobre 2022. Le 1er décembre, ce sous-lignage d’Omicron BA.5 continuait d’augmenter en France avec 49% des séquences interprétables.

C’est quoi les mutations L452 et K417N ?

En France, les laboratoires ne recherchent plus directement le variant lors d’un dépistage positif à la Covid mais la présence de mutations caractéristiques de tel ou tel variant. Actuellement, les indicateurs suivis sont la présence de la mutation E484K (A1), la présence de mutations en position L452 (C1) et la présence d’une mutation associée à Omicron (del69-70 et/ou K417N et/ou S371L-S373P et/ou Q493R, D1). Le criblage C1 (liée à la mutation L452) a été utilisé lors de la circulation du variant Delta. Il correspond aujourd’hui majoritairement aux sous-lignages d’Omicron BA.5 et, dans une moindre mesure, BA.4. A date : 

► La proportion de prélèvements ayant un résultat de criblage compatible avec Omicron (D1) est de 99%.

► La proportion de détection de la mutation E484K (A1) se maintient à des niveaux très faibles (0.1% des tests criblés).

► La proportion de détection de mutations en position L452 (C1) s’est stabilisée à des niveaux élevés (93% des prélèvements).

► La détection de la mutation R346T, dont une augmentation de la détection avait été notée dans les précédentes analyses de risque, semble se stabiliser.

► Une dynamique similaire de stabilisation est observée pour les mutations K444T et N460K.

Quels sont les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l’OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c’est-à-dire Alpha, Beta, Gamma…) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d’éviter aussi leur association « stigmatisation et discriminatoire » avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant « anglais », le variant « indien »…), a expliqué l’autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit « anglais »). L’alphabet grec compte 24 lettres.

Numéro des lettres Nom des lettres dans l’alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid)
1 Alpha
2 Bêta
3 Gamma
4 Delta
5 Epsilon
6 Zêta
7 Eta
8 Thêta
9 Iota
10 Kappa
11 Lambda
12 Mu
13 Nu
14 KSI/Xi
15 Omicron
16 Pi
17 Rhô
18 Sigma
19 Tau
20 Upsilon
21 Phi
22 Khi/Chi
23 Psi
24 Oméga

► Liste complète des noms de tous les variants du Covid

Les variants du Covid sont-ils dangereux ?

La mutation d’un virus ne signifie pas forcément qu’il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s’élève. 

Nom Impact en santé publique
Variant Omicron

70% plus contagieux que le Delta (données sud-africaines et écossaises)

Risque 5 fois plus élevé de réinfection que Delta

Réduction de 70-80% du risque d’hospitalisation  (données sud-africaines et écossaises)

Formes moins sévères que Delta

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

Dans une analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée avec le CNR des virus des infections respiratoires, Santé publique France indique les risques de transmissibilité des variants Covid préoccupants par rapport à la souche initiale. Pour le variant Omicron « les analyses réalisées à l’international ont confirmé qu’Omicron présente un taux de croissance jusqu’à 3,7 fois plus élevé que Delta«  a informé Santé Publique France le 5 janvier. 

Variant Alpha  Variant Beta  Variant brésilien Gamma  Variant Delta Variant Omicron Variant Omicron BA2
+29% par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +25%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +38%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +97%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2  +30% par rapport au variant Delta +30% par rapport à Omicron initial (BA1)

Quels sont les symptômes des variants du Covid ?

Selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant du coronavirus n’ont pas différé des signes observés avec le virus originel. Avec le variant Omicron, cependant, les spécialistes ont rapporté des formes plus bénignes de la maladie, des maux de tête, une grosse fatigue, un rhume ou une grippe, et moins de formes sévères à type de pneumopathies qu’observées auparavant.

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

La stratégie de dépistage des variants a évolué au fil des virus observés. Santé publique France et ses partenaires ont mis en place un système de surveillance de l’épidémie de Covid-19 et de ses variants. Cette surveillance des variants s’appuie sur deux méthodes complémentaires : le criblage et le séquençage. L’objectif du criblage est d’identifier les mutations permettant de suspecter certains variants connus, dans un délai d’environ 24 heures après le diagnostic de l’infection. Les résultats remontent à Santé publique France via le système d’information SIDEP et permettent de produire des indicateurs aidant au suivi, de manière très réactive, de la suspicion des principaux variants qui circulent sur le territoire. Le séquençage est la méthode de référence permettant de confirmer les suspicions de variant. L’objectif du séquençage est de caractériser avec certitude le type de variant responsable de l’infection. 

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